Les eaux usées de Louvain ont trahi une vague de parvovirus un an avant l'alerte officielle, grâce à un dépistage viral élargi

Des chercheurs de l'Institut Rega de la KU Leuven ont mis au point une technique qui permet de détecter des centaines de virus à la fois dans les eaux usées. Jusqu'ici, la surveillance des eaux usées ciblait un nombre limité de virus dont on soupçonnait déjà la circulation, explique le virologue Jelle Matthijnssens à VRT NWS. La nouvelle approche extrait d'abord de manière sélective le matériel génétique viral d'un échantillon, ce qui rend visibles des virus présents en faible concentration, et même des variants d'un même virus, indique l'université. L'étude a été publiée dans la revue Nature Water.

Pendant plus de deux ans et demi, l'équipe a analysé chaque semaine les eaux usées d'une station d'épuration d'Aquafin à Louvain, qui traite les eaux d'environ 120.000 habitants. Selon la publication, cela représente 127 échantillons sur 31 mois. Les chercheurs y ont trouvé au total 339 espèces de virus et 715 souches, dont des rotavirus, des norovirus et des adénovirus, mais aussi des virus qui ne font pas l'objet d'un dépistage de routine. Certains virus culminent en hiver et au printemps, d'autres en été. Pour le rotavirus, le signal dans les eaux usées précédait en général d'environ une semaine les données cliniques.

L'exemple le plus frappant est celui du parvovirus B19. Dès avril 2023, l'équipe a observé une nette hausse dans les eaux usées de Louvain, alors que les autorités sanitaires belges n'ont donné l'alerte officielle que plus d'un an plus tard. Chez les jeunes enfants, le virus provoque souvent une éruption cutanée, mais il peut être dangereux pour les femmes enceintes, souligne Matthijnssens auprès de VRT NWS. À l'été 2024, de nombreuses femmes enceintes ont été hospitalisées pour des complications. Selon lui, la méthode aurait sans doute aussi donné un signal plus précoce au début de la pandémie de coronavirus.

Les habitants n'ont pas à s'inquiéter du grand nombre de virus: on est régulièrement infecté par des virus qui ne rendent pas malade mais qui apparaissent dans les eaux usées, insiste le virologue. La technique doit compléter la surveillance existante des maladies, pas la remplacer, et tout signal nécessite un suivi clinique, écrit la KU Leuven. L'étude repose sur une seule station d'épuration dans une seule ville. L'équipe veut maintenant tester la méthode dans d'autres installations et vérifier si un suivi quasi en temps réel sur plusieurs sites en Belgique est réalisable.